中央空调水系统的清洗包括冷凝器侧的清洗和蒸发器侧的清洗。蒸发器侧的清洗主要是清除蒸发器换热表面、冷冻水管道内壁、风机盘管内壁和空气调节系统设备内部的生物粘泥、腐蚀产物等沉积物。
中央空调循环水系统设备及管道的清洗，可采用物理和化学清洗两种方法来实施。由于化学清洗操作方便，清除效果好，而且可以不停机清洗，所以现在大多采用化学清洗方法。
(1)物理清洗
物理清洗只能将循环水系统分成设备、管道等几个部分进行清洗。主要清洗方法有：用尼龙刷拉刷；高压水射流清洗等。这些方法主要适用于水冷式冷凝器。
用尼龙刷拉刷清洗先将冷凝器两端的封盖拆下，然后向换热管内通以加压水或压缩空气，管刷沿水平方向来回刷动。管刷柄的长度应大于1/2管长；
高压水射流清洗此方法还可用于清洗管道等设备。在清洗换热器时，需将换热器两端头拆下，用高压水枪逐根清洗换热管。对于管道，则可采用有扰性枪头的高压水射流清洗。
(2)化学清洗
化学清洗是通过化学药剂的作用，使被清洗设备中的沉积物溶解、疏松、脱落或剥离的一类方法。化学清洗也常和物理清洗配合使用。化学清洗所用的化学清洗药剂、清洗循环运作时间及安全事项等事宜，现将不停机化学清洗的操作程序介绍如下：
操作步骤为：杀菌灭藻清洗→酸洗→中和→预膜。
杀菌灭藻清洗
杀菌灭藻清洗应选择杀菌效果好并且有较好生物污泥剥离能力的杀生剂。比如选择次氯酸钠和新洁尔灭搭配使用；杀菌灭藻清洗时间一般比较长，可每隔3~4小时测定一次水的浊度，当浊度曲线趋于平缓，即可结束清洗。
酸洗
杀菌灭藻洗后就可以进行清洗。应选择合适的缓蚀剂和酸洗剂。一般不停机清洗是在低PH值下进行的。先向水系统中加入缓蚀剂，待缓蚀剂在水系统中循环均匀后就可加入酸洗剂。加入酸洗剂应采用滴加法，使水中的PH值缓慢下降并维持在2.5～3.5之间。
在酸洗过程中，应经常测定水中的离子浓度，一般清洗开始阶段，每4h一次，清洗中后期阶段，每2h一次。以总铁曲线趋于平缓作为酸洗终点，浊度曲线可作为辅助终点判断手段。在酸洗过程中，还可加入一些表面活化剂和剥离剂，来促进酸洗效果。酸洗后应向水系统中补加新鲜水，同时从排污口排放酸洗废液，以降低水系统中的浊度和铁离子浓度，同时加入少量的NaCO3中和残余的酸，为下一步的预膜打好基础。
预膜
酸洗结束后，向系统中投加一定剂量的预膜药剂进行预膜。预膜可在金属表面形成一层致密的保护膜，使金属表面与腐蚀介质隔离，有效地防止电化学腐蚀，并不易结垢。主要用于循环冷却水换热设备和管道的预膜，减轻或防止运行时对碳钢、铜合金、不锈钢等材质的腐蚀。
在使用该预膜剂前需要彻底清洗系统，预膜处理时系统要保持好的流动状态。一旦预膜药剂加入到系统中后，循环水泵一定要连续运转。水的流速一般控制在1-2米/秒。常温下预膜时间为24-48小时。如果水温能够达到50℃，循环8小时即可。
蒸发器循环冷却水中含有大量的盐类物质、腐蚀产物和各种微生物，蒸发器运行一段时间后会结有大量的钙镁碳酸盐垢及藻类、微生物淤泥、粘泥等。定期清洗蒸发器有利于平衡循环压力，提高机组真空度和运行效率，带来一定的经济损失。
